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杨晓飞 |
生物信息学，基因组信息学
杨晓飞，博士，2024年国家优秀青年科学基金获得者，西安交通大学计算机学院教授，西安交通大学第二附属医院特聘教授，博士生导师，西安交通大学青年拔尖人才A类，2023年陕西省杰出青年科学基金获得者。获得2023中国新锐科技人物卓越影响奖，2019年陕西省优秀博士论文奖。中国遗传学会计算机学会生物信息专委会委员，中国生物工程学会计算与生物信息专委会委员。博士毕业于西安电子科技大学计算机应用技术专业，研究方向为数据挖掘，生物信息学。2018年10月-2019年10月在美国杰克逊实验室作访问学者。主要从事基因组信息学研究，聚焦基因组超复杂区域精细解析，基因组组装、演化分析，着丝粒序列特征解析等。主持国家重点研发计划课题，国家自然科学基金青年基金B类，面上项目，青年基金C类等项目。共发表学术论文40余篇（第一或通讯作者共22篇），包括 Nature, Science, Cell Genomics, Nature Communications, Genome Biology 等期刊。
工作经历：
2025年01月-至今 西安交通大学第二附属医院 特聘教授
2024年07月-至今 西安交通大学 计算机科学与技术学院 教授
2020年04月-2024年07月 西安交通大学 计算机科学与技术学院 副教授
2017年01月-2020年04月 西安交通大学 计算机科学与技术学院 讲师
2018年10月-2019年10月 美国杰克逊实验室 访问学者
学习经历：
学士，2007年-2011年，西安电子科技大学，软件工程
博士，2011年-2016年，西安电子科技大学，计算机科学与技术
1 国家重点研发计划“前沿生物技术专项”，中国人群完整泛基因组图谱构建及智能解析，2025YFC3410300，2025.9 - 2028.8，项目总经费1900万，课题二负责人，课题350万（在研）
2 国家优秀青年科学基金，基因组信息学，32422019，2025.1-2027.12， 200万，主持（在研）
3 陕西省杰出青年科学基金，基因组信息学，2024JC-JCQN-28，2024.1-2026.12， 50万，主持 （在研）
4 中央高校基本科研业务费，人群着丝粒序列特征分析方法及应用研究，xzy012024088，2024.1.1 - 2026.12.31，10万，主持，（在研）
5 国家重点研发计划“前沿生物技术专项”，关键模式生物基因组精细研究及其示范应用，2022YFC3400300，2022.11 - 2027.10，总经费2070万 （个人负责283万），（在研）
6 国家自然科学基金面上项目：基于图模型的跨物种泛基因组构建及模式挖掘算法研究 No. 62172325, 2022.1~2025.12，61万，主持，（已结题）
7 中央高校基本科研业务费，基于多组学数据集成的鸦片罂粟全基因组调控网络研究，xzy012020012，2020.1.1 - 2022.12.31, 9万，主持，（已结题）
8 国家自然科学基金青年项目：基于网络模型的癌症异常DNA甲基化模块挖掘算法研究 No.61702406 2018.1~2020.12 28万 主持 （已结题）
9.国家科技重大专项，乙肝相关肝癌早期免疫诊断关键技术研发和应用， No. 2018ZX10302205, 1400万 (子课题35万)， 2018.10~2021.12, 骨干 （已结题）
代表性论文：
1. Yang Gao#, Xiaofei Yang#, Hao Chen#, Xinjiang Tan#, Zhaoqing Yang#, Lian Deng#, Baonan Wang, Shuang Kong, Songyang Li, Yuhang Cui, Chang Lei, Yimin Wang, Yuwen Pan, Sen Ma, Hao Sun, Xiaohan Zhao, Yingbing Shi, Ziyi Yang, Dongdong Wu, Shaoyuan Wu, Xingming Zhao, Binyin Shi, Li Jin, Zhibin Hu, Chinese Pangenome Consortium (CPC), Yan Lu*, Jiayou Chu*, Kai Ye*, Shuhua Xu*. A pangenome reference of 36 Chinese populations. Nature 2023, 619(7968):112-121. https://doi.org/10.1038/s41586-023-06173-7
2 .Li Guo#, Thilo Winzer#, Xiaofei Yang#, Yi Li#, Zemin Ning#, Zhesi He, Roxana Teodor, Ying Lu, Tim A. Bowser, Ian A. Graham*, Kai Ye*, The opium poppy genome and morphinan production, Science, 2018, 362(6412): 343-347.
3 .Shenghan Gao#, Yimeng Zhang#, Stephen J Bush, Bo Wang, Xiaofei Yang*, Kai Ye*, Centromere Landscapes Resolved from Hundreds of Human Genomes, Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 22 (5), 2024, qzae071
4 .Xiaofei Yang#, Gaoyang Zheng#, Peng Jia, Songbo Wang, Kai Ye*, Pindel-TD: A Tandem Duplication Detector Based on A Pattern Growth Approach, Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 22(1), February 2024, qzae008, https://doi.org/10.1093/gpbjnl/qzae008
5. Xiaofei Yang#, Shenghan Gao#, Li Guo#, Bo Wang, Yanyan Jia, Jian Zhou, Yizhuo Che, Peng Jia, Jiadong Lin, Tun Xu, Jianyong Sun, Kai Ye*. Three chromosome-scale Papaver genomes reveal punctuated patchwork evolution of the morphinan and noscapine biosynthesis pathway. Nature Communications, 2021, 12, 6030 (2021)
6. Shenghan Gao#, Yanyan Jia#, Hongtao Guo, Tun Xu, Bo Wang, Stephen J. Bush, Shijie Wan, Yimeng Zhang, Xiaofei Yang*, Kai Ye*, The centromere landscapes of four karyotypically diverse Papaver species provide insights into chromosome evolution and speciation, Cell Genomics 2024, 14;4(8):100626
7 .Xiaofei Yang, Xixi Zhao, Shoufang Qu, Peng Jia, Bo Wang, Shenghan Gao, Tun Xu, Wenxin Zhang, Jie Huang*, Kai Ye*, Haplotype-resolved Chinese male genome assembly based on high-fidelity sequencing, Fundamental Research, 2022, 2(6): 946-953
8 .Shenghan Gao*, Xiaofei Yang*#, Hongtao Guo, Xixi Zhao, Bo Wang, Kai Ye#, HiCAT: a tool for automatic annotation of centromere structure. Genome Biology 24, 58 (2023).
9 .Shenghan Gao*, Xiaofei Yang*#, Jianyong Sun, Xixi Zhao, Bo Wang, Kai Ye#, IAGS: Inferring Ancestor Genome Structure under a wide range of evolutionary scenarios, Molecular Biology and Evolution, 2022, 39(3): msac041
10 .Bo Wang, Xiaofei Yang*, Yanyan Jia, Yu Xu, Peng Jia, Ningxin Dang, Songbo Wang, Tun Xu, Xixi Zhao, Shenghan Gao, Quanbin Dong, Kai Ye*. High-quality Arabidopsis thaliana Genome Assembly with Nanopore and HiFi Long Reads. Genomics, Proteomics & Bioinformatics 20 (2022) 4–13
科研获奖：
2023，中国新锐科技人物卓越影响奖
2019，陕西省优秀博士论文奖
人才称号：
国家优秀青年科学基金获得者
陕西省杰出青年科学基金获得者