1996年11月，原国家教委正式批准学校建立西安交通大学国家工科基础课程数学教学基地。基地以先进的教育思想和教学理念为指导，对工科数学课程率先提出符合现代教育思想和改革方向的改革思路和总体构想，对推动全国高校工科数学课程的教学改革产生了重要作用。
该基地共主持了高等教育面向21世纪教改立项课题“数学系列课程教学内容和课程体系改革的研究与实践”，承担了教育部新世纪教改工程中世行贷款资助项目“数学系列课程的综合改革与整合实践”等10项国家级教学研究课题。率先在工科数学教学内容、课程体系、教学方法与教学手段等方面提出了全方位的改革思路、改革方案，并进行了改革实践。编写出版了工科数学系列教材和《工科数学系列课程教学改革研究报告》。建成了拥有80台微机的工科数学实验室，面向全校开放。近几年来，共获国家级教学成果二等奖3项。由马知恩和王绵森教授主编的面向21世纪国家级重点教材《工科数学分析基础》(上、下册)，获全国高校科学技术一等奖和国家级优秀教材一等奖。在2003年首届国家教学名师的评选中，马知恩教授被评为国家级名师；《高等数学》课程荣获2004年国家级精品课程。2005年顺利通过了教育部的验收评估并获得“国家优秀基地”称号。
